En ocasiones, un pequeño, aunque significativo, número de individuos con cirrosis, pueden desarrollar una complicación conocida como encefalopatía (condición que afecta al cerebro ). Los individuos afectados pueden mostrar signos de desorientación y confusión. La causa o causas exactas de la encefalopatía no están bien entendidas. Mientras que algunos expertos no creen que exista conexión alguna entre la proteína de la dieta y la encefalopatía, otros promueven la reducción substancial o la eliminación de la proteína de origen animal y la re-adaptación a una dieta vegetariana, para ayudar al mejoramiento del estado mental.
Los pacientes que están a riesgo de una encefalopatía deberían recibir asesoramiento sobre la ingesta de proteínas. Las proteínas de origen animal provienen de: carnes rojas, pescados, carnes de aves, huevos y productos lácteos. Cada uno de ellos provee 7 grs de proteína por cada 28,3 grs de comida. No hay límite para el consumo de la proteína de origen vegetal. La conservación de una adecuada ingesta proteica y del peso corporal deberían ser considerados prioridades, si no se implementa la utilización de proteínas de origen vegetal como substitutos.